Одделение за архитектура

Концентрацијата на богато архитектонско културно наследство во Прилеп и неговата околина ја иницира потребата од формирање на Одделение за архитектура во рамките на Народниот музеј во 1981 година. Состојбата на спомениците на култура во поширокото прилепско подрачје наложувала, во еден подолг временски период пред 1981 година, врз нив да се извршат истражувачки и конзерваторски работи. Така, стручни екипи од Републичкиот завод за заштита на спомениците на култура - Скопје интервенирале на црквите “Св. Никола” во Варош (1961 година), “Св. Никола” во село Манастир, Мариово (1965-1970 година) и “Св. Архангел Михаил” во Варош (1980-85 година).

Одделение за историја на уметност

Одделението за историја на уметност во рамките на тогашниот Народен музеј - Прилеп функционира од 1960 година, во почетокот како Галерија, а со прераснување на институцијата во Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости и Музеј во 1981 година, тоа се води и официјално како Одделение за историја на уметност. Негова основна дејност е истражувачки работи и изработка на документација (дескриптивна, техничка и фото) за живиопис, икони, резба и библиофилски материјал, изготвување на проекти за превентивна заштита и конзервација и евиденција на движниот материјал (икони, библиофилски материјал и друг црковен инвентар) кој се наоѓа во црквите и манастирите. Исто така, Одделението за историја на уметност прибира и обработува дела од областа на Современата ликовна уметност, организира тематски изложби и го публикува истражениот материјал.

Одделение за правна заштита на спомениците на културата

Во 1981 година со прераснувањето на Народниот музеј - Прилеп во Завод за заштита на спомениците на култура, природните реткости и Музеј, основано е и Одделение за правна заштита на спомениците на култура, односно правната заштита на спомениците на култура станува една од основните дејности во новоорганизираната институција и е во непосредна поврзаност со останатите стручни дејности.

Одделение за заштита, конзервација и реставрација

Одделението за заштита, конзервација и реставрација во рамките на НУ Завод и Музеј - Прилеп функционира следствено на предложени и тековни програми и проекти за заштита и соодветни третмани на конзервација и реставрација на културното наследство. Во Одделението за заштита, конзервација и реставрација при НУ Завод и Музеј - Прилеп тековно се третира целокупниот музејски движен материјал од керамика, метал, дрво, стакло, коска и др. од Одделенијата за археологија, етнологија, историја и историја на уметност.

Одделение за техинчка (илустративна) документација

Одделението за техничка (илустративна) документација во НУ Завод за заштита на спомениците на културата и Музеј - Прилеп работи од 1986 година. Техничката (илустративна) документација по својата природа е многу специфична и е од големо значење, а се изработува со цел да се зачува еден автентичен документ за постојната состојба на целокупното движно и недвижно културно богатство кое се наоѓа на територија на општина Прилеп, па и пошироко, како и она кое се наоѓа во депоата на НУ Завод и Музеј - Прилеп.