Одделение за археологија

Одделението за археологија постои од формирањето на Народниот музеј - Прилеп во 1955 година, кој во 1981 година прераснува во НУ Завод за заштита на спомениците на култура, природните реткости и Музеј. Одделението во 1960 година е поделено на четири реферати: Реферат за Праисторија, Реферат за Антика, Реферат за Нумизматика и Реферат за Среден век.

Одделение за историја

Одделението за историја е формирано во 1948 година, како засебно одделение со постојана изложба со тема од НОВ. Со формирањето на Народниот музеј во Прилеп, 1955 година, кој во 1981 година прераснува во Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости и Музеј, Одделението за историја влегува во неговите рамки.

Одделение за етнологија

Со формирањето на Народниот музеј во Прилеп како самостојна институција за чување и презентирање на целокупното духовно и материјално наследство, во негови рамки работи и Одделението за етнологија. Првиот званично заведен предмет во Инвентарните книги на Одделението за етнологија е на 9.01.1956 година.

Одделение за документација

Одделението за документација во НУ Завод за заштита на спомениците на култура и Музеј - Прилеп е формирано во 1984 година. Во него се извршуваат евиденциони активности како од областа на заштитата на спомениците на култура, така и од областа на музеологија, односно одделението е во директен сооднос со другите одделенија.